Stichting OndersteBoven gelooft in de kracht van onderzoek. Met onderzoek als instrument heeft Stichting OnderseBoven de politiek ervan overtuigd dat er wel degelijk specifieke behoeftes en problemen zijn binnen de LBTQ-vrouwengemeenschap.

Zo heeft zij twee onderzoeken laten uitvoeren. In 2009 naar de psychosociale gezondheid van LBT-vrouwen en in 2011 naar anti-lesbisch geweld.